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3D版的《黑客帝国》是片段还是电影？
是短片，不是完整电影。
故事情节发生在电影版的第二集和第三集之间，
起着承前启后的作用。
黑客帝国3，尼奥为什么在现实世界也有超能力了？那个小女孩又是什么身份？
在虚拟世界里，所有的人都是一段数据，数据在现实世界中就是一段电流。而现实世界中的机器人，也是靠智能程序来控制，和电脑一样，也是靠电流的，所以当LEO瞎眼后，他的感知能力完全来自他对电流的控制能力，所以他看见的全是电流组成的数据流，同样的他的感知完全靠这个的话，他的能力也就随之蔓延到现实了，就和一个人瞎了眼后，耳朵会特别灵一样，因为他就只有靠这个了。LEO与众不同的地方是————因为他能感知电流（包括人体内的生物电流），所以虚拟世界的电流不能替代他自己电流，因为他能分辨那个电流是外来的。普通人则只能保留一种更强势的电流。
至于那个小女孩，首先她是LEO在那个跑不脱的地铁站里遇到的那对程序夫妇的女儿。在电影里，这个小女孩是有隐喻的。
首先想想人类是怎么被电脑控制的，是因为那个更大的智能程序掌握了创造的能力（它创造了LEO所看见的机器世界），它有自我的意识，所以它背叛了创造它的人；
再看看那个小女孩，她是有那个更大的智能程序所创造的下级程序所创造的，这意味着那些下级程序也有了创造的能力。最后所有的一切都被重置了，但那个小女孩不是由那个更大的智能程序所创造的，因而它没有被重置，她长大后，就是另一个预言者（那个老太婆）。事实上，那个更大的智能之所以要重置整个世界，就是因为有了这个小女孩的出现，它没有能力控制这种不是他创造的程序，唯一的办法就是当这个世界出现之一个也是唯一一个这样的小女孩时，它就要重置世界（等于重装系统），而那个留下的小女孩，将是下一个小女孩的抚养者（预言者）。
至于那个病毒史密斯，也是必然结果，所有的一切都在程序计算之内，程序是不会做计算之外的题的，它用这个病毒史密斯来威胁虚拟世界里的预言者：“要么你和我一起忽悠人类，要么就和我一起看世界毁灭”，他也用这种招数来威胁人类：“你帮我解决史密斯，我就放其他人一条生路。”
黑客帝国有3D版的吗？
黑客帝国动画版是沃卓斯基兄弟（黑客帝国导演）和日本多位动画导演（前田真宏、渡边信一郎、川尻善昭等）共同合作的，除了最前面的3D完全是由沃卓斯基兄弟执导的，后面的每一段几乎都换一个日本导演，众所周知、日本是手绘动画最发达的国家，所以后面的就不是3D的了，也没有全3D的黑客帝国动画版。